นอกจากบริษัท JR แล้ว ยังมีบริษัทรถไฟเอกชนอีกหลายแห่งที่ให้บริการในแต่ละเมืองของญี่ปุ่น
Odakyu สายโอดะคิว เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวไปทางตะวันตก และ จังหวัด Kanagawa เช่น เมือง Hakone
Tokyu สายโตคิว เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวออกไปทางใต้ เช่น เมือง Yokohama
Keisei สายเคเซ เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวไปยังจังหวัด Chiba สามารถเดินทางไป สนามบิน Narita ได้
Seibu สายเซบุ เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวไปยังตะวันตก เช่น เมือง Chichibu, Kawagoe
Keikyu สายเคคิว เส้นทาง: เชื่อมระหว่าง Tokyo กับ Yokohama และ Kanagawa สามารถเดินทางไปสนามบิน Haneda ได้
Keio สายเคโอ เส้นทาง: วิ่งในตัวเมืองเกียวโต ทางฝั่งตะวันตก เช่น สถานี Kichioji และสามารถเดินทางไป Mt.Takao ได้
Nankai สายนันไค เส้นทาง: เส้นทางรถไฟวิ่งจากทางใต้ของ Osaka และจังหวัด Wakayama สามารถเดินทางไป Kansai airport และ Koyasan ได้
Hankyu สายฮังคิว เส้นทาง: วิ่งทางตอนเหนือของ Osaka และเชื่อมต่อกับ Kobe และ Kyoto
Keihan สายเคฮัน เส้นทาง: สายหลักเชื่อมต่อระหว่าง Osaka กับ Kyoto
Hanshin สายฮังชิน เส้นทาง: สายหลักเชื่อมต่อระหว่าง Osaka กับ Kobe