นอกจากบริษัท JR แล้ว ยังมีบริษัทรถไฟเอกชนอีกหลายแห่งที่ให้บริการในแต่ละเมืองของญี่ปุ่น

  • Tobu สายโทบุ เส้นทาง: วิ่งทางตอนเหนือของโตเกียว เช่น เมือง Nikko

    Odakyu สายโอดะคิว เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวไปทางตะวันตก และ จังหวัด Kanagawa เช่น เมือง Hakone

    Tokyu สายโตคิว เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวออกไปทางใต้ เช่น เมือง Yokohama

    Keisei สายเคเซ เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวไปยังจังหวัด Chiba สามารถเดินทางไป สนามบิน Narita ได้

    Seibu สายเซบุ เส้นทาง: วิ่งจากโตเกียวไปยังตะวันตก เช่น เมือง Chichibu, Kawagoe

    Keikyu สายเคคิว เส้นทาง: เชื่อมระหว่าง Tokyo กับ Yokohama และ Kanagawa สามารถเดินทางไปสนามบิน Haneda ได้

    Keio สายเคโอ เส้นทาง: วิ่งในตัวเมืองเกียวโต ทางฝั่งตะวันตก เช่น สถานี Kichioji และสามารถเดินทางไป Mt.Takao ได้

  • Meitetsu สายเมเท็ทสึ เส้นทาง: เป็นสายหลักที่วิ่งจากสถานี Nagoya ไปยัง Central japan Airport และ Inuyama ได้

    meitetsu

  • Kintetsu สายคินเท็ทสึ เส้นทาง: เป็นบริษัทรถไฟเอกชนที่ใหญ่ที่สุด มีเส้นทางครอบคลุมโซนทางใต้ของ Kinki วิ่งผ่านเมืองสำคัญๆอย่าง Osaka, Kyoto, Nara, Ise, Nagoya

    Nankai สายนันไค เส้นทาง: เส้นทางรถไฟวิ่งจากทางใต้ของ Osaka และจังหวัด Wakayama สามารถเดินทางไป Kansai airport และ Koyasan ได้

    Hankyu สายฮังคิว เส้นทาง: วิ่งทางตอนเหนือของ Osaka และเชื่อมต่อกับ Kobe และ Kyoto

    Keihan สายเคฮัน เส้นทาง: สายหลักเชื่อมต่อระหว่าง Osaka กับ Kyoto

    Hanshin สายฮังชิน เส้นทาง: สายหลักเชื่อมต่อระหว่าง Osaka กับ Kobe

  • Nishitetsu สายนิชิเท็ทสึ เส้นทาง: เส้นทางรถไฟวิ่งในเมือง Fukuoka และไปยังเมืองรอบๆ เช่น Dazaifu